Potensi dan Karakteristik Bakteri Simbion Karang Lunak Sinularia sp. sebagai Anti Bakteri Escherichia coli dari Perairan Pulau Gili Labak Madura Indonesia

Abstract

Gili Labak merupakan pulau kecil di Kabupaten Sumenep-Madura yang memiliki keanekaragaman karang lunak melimpah salah satunya Sinularia sp.. Beberapa studi literatur menyatakan bahwa Sinularia sp. memiliki berbagai jenis bakteri simbion yang berperan penting dalam siklus hidup karang lunak ini. Bakteri yang bersimbiosis dengan Sinularia sp. memiliki potensi besar sebagai agen anti bakteri khususnya bakteri gram negatif Escherichia coli. Identifikasi isolat bakteri yang bersimbiosis dengan Sinularia sp. ini merupakan alternatif upaya pemanfaatan sumberdaya karang lunak secara konservatif dan keberlanjutan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi anti bakteri dan mengidentifikasi jenis bakteri simbion dari ekstrak karang lunak Sinularia Sp. yang berasal dari perairan Gili Labak Madura. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah uji zona hambat bakteri menggunakan overlay dan metode difusi dengan media ZoBell 2216E. Karakteristik molekuler sampel diamati menggunakan metode PCR 16s rDNA dengan ekstraksi DNA menggunakan Chelex 100 dan Primer amplifikasi PCR 27F dan 1492R. Pohon filogenetik dibangun dengan menggunakan aplikasi MEGA 6. Hasil penelitian diketahui dari 4 isolat bakteri (L2.2, L2.3, L2.4, dan L2.5), terdapat 1 isolat yang yang memiliki aktivitas antibakteri Escherichia coli kuat yaitu Isolat L2.5. Isolat L2.5 memiliki diameter zona hambat terbesar yaitu 2.207 ± 0.401 cm. Strain bakteri aktif di Isolat L2.5 adalah Virgibacillus marismortui dengan kemiripan urutan 100%. Hasil penelitian ini menjadi informasi awal yang dapat digunakan sebagai referensi untuk mengoptimalkan potensi pemanfaatan bakteri Virgibacillus marismortui di bidang bioteknologi laut khususnya industri farmasi di masa yang akan datang.

Gili Labak is a small island in Madura district which has a diversity of soft coral Sinularia sp. Several literature studies state that Sinularia sp. has various types of symbiotic bacteria that play an important role in the life cycle of this soft coral. This symbiotic bacterium with Sinularia sp. has great potential as an antibacterial agent especially inhibiting of gram-negative bacteria Escherichia coli. Identification of bacterial isolates that are in symbiosis with Sinularia sp. is an alternative to conservative and sustainable use of soft coral resources. This study aims to determine the anti-bacterial potential and identify the type of bacteria from the soft coral extract of Sinularia sp. from the waters of Gili Labak-Madura. The method used in this research is bacterial inhibition zone test using overlay and diffusion methods with ZoBell 2216E media. Molecular characteristics of samples were observed using PCR 16s rDNA method with DNA extraction using Chelex 100 and PCR amplification primers 27F and 1492R. Phylogenetic trees were constructed using MEGA 6 application. The results showed that there were 4 isolates (L2.2, L2.3, L2.4, and L2.5), there was 1 isolate that had strong Escherichia coli antibacterial activity, namely Isolate L2.5. L2.5 isolate has the largest inhibitory zone diameter of 2.207 ± 0.401 cm. The active bacterial strain in the L2.5 isolate was Virgibacillus marismortui with 100% sequence similarity. The results of this study serve as initial information that can be used as a reference to optimize the potential utilization of Virgibacillus marismortui bacteria in marine biotechnology, especially the pharmaceutical industry in the future.